DNA甲基化參與一系列重要生物學過程，包括早期胚胎發育、基因組印記、X 染色體失活、重復序列的沉默以及許多人類疾?。ㄈ绨l育畸形、癌癥、心血管疾病、糖尿病和神經心理失調等）過程中發揮重要作用，DNA 甲基化也有助于闡明這些重要的生命過程背后隱藏的奧秘。

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式，它是由DNA甲基轉移酶(DNA methyl-transferase，Dnmt)催化S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體，將胞嘧啶轉變為5-甲基胞嘧啶（mC）的一種反應，它并不改變DNA的一級結構，卻在細胞的發育、基因的表達、及基因組的穩定性中起著重要的作用。CpG島的高甲基化是腫瘤中存在的普遍現象，而啟動子CpG島的高甲基化是除突變和缺失外腫瘤中抑癌基因失活的第三種機制。因此，基因啟動子甲基化檢測在臨床診斷（如甲基化檢測與CT相結合）等方面具有很高的應用價值。

目前甲基化分析有很多方式，其中重亞硫酸鹽處理法最為常見，基于此原理也存在不同分析方法，而BSP和MSP是兩種不同的甲基化分析方法。

亞硫酸氫鹽修飾后測序法 (bisulfite sequencing PCR, BSP)：該方法是通過對基因組DNA進行重亞硫酸鹽處理，非甲基化的胞嘧啶被脫氨基而轉變成尿嘧啶，在隨后的PCR反應中尿嘧啶轉變成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不能被脫氨基，在反應完成時被保留；然后在非甲基化區域設計引物進行PCR擴增，我們將擴增得到的PCR產物進行克隆測序，就可以分析甲基化發生的具體情況。

甲基化特異性的PCR法 (methylation-specific PCR，MSP)：該方法是通過對基因組DNA進行重亞硫酸鹽處理，然后在甲基化區域設計甲基化特異性的引物 (M Primer) 和非甲基化特異性的引物 (N Primer)，使用M Primer和N Primer分別進行PCR擴增，檢測此MSP擴增產物，如果使用M Primer能擴增出片段，則說明該被檢測的位點存在甲基化；若用N Primer擴增出片段，則說明被檢測的位點不存在甲基化。

兩種甲基化分析方法的區別